Quantifier les biomarqueurs multiplexés dans les échantillons de tissus FFIP
à l’aide de la MRM
Le pouvoir de la protéomique quantitative au service des échantillons de tumeurs
Les biomarqueurs protéiques peuvent fournir des informations critiques sur les réponses des patients et leur mesure dans des échantillons de tissus FFIP (fixés au formol et inclus dans la paraffine) est devenue une pratique courante. Ces échantillons sont généralement entreposés à température ambiante, stables pendant une longue période de temps et facilement accessibles via les banques de tissus, permettant pour une étude rétrospective et une analyse ciblée.
L’un des défis rencontrés dans le cadre de la recherche clinique ainsi que dans les essais cliniques est la disponibilité de quantités d’échantillons pour le développement et le test de biomarqueurs quantitatifs. La protéomique quantitative basée sur la spectrométrie de masse (MS) surmonte cet obstacle en permettant la mesure de biomarqueurs dans de grands ensembles d’échantillons en utilisant de petites quantités d’échantillons FFIP.
CellCarta peut rapidement développer des tests pour quantifier les protéines d’intérêt dans les échantillons de tissus FFIP. Nos protocoles, conformes aux normes GCLP, sont robustes, reproductibles et précis.
Quantifier les biomarqueurs thérapeutiquement pertinents
en toute confiance
Nos tests de détection de réactions multiples (MRM) quantifient les biomarqueurs protéiques d’intérêt dans les échantillons FFIP avec un degré de précision et d’exactitude comparable aux immuno-tests, mais sans nécessiter d’anticorps. Compte tenu de sa spécificité, de sa sélectivité et de sa capacité à fournir des mesures précises, la spectrométrie de masse est une méthode complémentaire à l’immunohistochimie.
Notre plateforme fournit les éléments suivants :
- Spécificité conférée par l’approche ciblée et l’utilisation d’étalons de peptides marqués d’isotopes lourds
- Sensibilité pour la détection de niveaux endogènes dans de petites quantités de tissus, aussi bases que 5 μg
- Reproductibilité et précision sur toute la plage de détection, maintenues tout au long de l’étude
- Capacités multiplexes qui permettent la quantification simultanée de différentes protéines
- Possibilité d’effectuer des tests dans des environnements respectant les normes GCLP et CAP/CLIA pour les échantillons d’essais cliniques
- Dissection d’échantillons guidée par un/e pathologiste pour une sélection précise de la région d’intérêt du tissu tumoral
- Développement rapide de tests, avec des délais pertinents pour les essais cliniques
- Validation du test selon les directives du CPTAC
Une approche protéomique ciblée pour la recherche clinique
Chez CellCarta, nous avons établi un mode opératoire analytique efficace dans des environnements réglementaires accrédités CAP, certifiés CLIA et respectant les normes GCLP. De l’extraction des protéines à leur quantification par MRM, tous les paramètres du test ont été caractérisés de manière exhaustive. Pour la MRM, ces paramètres incluent la spécificité, les interférences, le report, la précision et l’exactitude, ainsi que les effets de matrice.
Un exemple concret de cette approche est notre test mis au point pour la quantification de 12 biomarqueurs, dont HER2, dans des échantillons cliniques. Ce test multiplex a été validé à l’aide d’échantillons de tissus FFIP provenant de patients atteints d’un cancer colorectal.