Nos services experts d'analyse de données génomiques prennent en charge le séquençage et l'analyse de variants, le profilage différentiel de l'expression génique, ainsi que les modalités spatiales.
Transformez vos données de séquençage en résultats fiables, quels que soient les études, les sites ou le niveau d'examen réglementaire.
Les services d'analyse de données génomiques de CellCarta couvrent toutes les principales modalités, et nos services s'appuient sur une équipe de bioinformatique dédiée qui s'implique directement dans vos questions de recherche, puis utilise des méthodes de traitement et d'analyse avancées pour fournir des résultats transparents et reproductibles, avec la rigueur de contrôle qualité qu'exige votre programme.
Profilez les transcriptomes à l'aide de logiciels d'analyse de l'expression génique pour le RNA-seq et le NanoString nCounter®. Les pipelines RNA-seq couvrent l'alignement des lectures, la quantification des transcrits, la détection des variants d'épissage et des fusions, les fractions de cellules immunitaires tumorales, ainsi que la quantification propriétaire de l'eTMB et de l'eMSI basée sur le ML.
Les flux de travail NanoString incluent la correction du bruit de fond, la normalisation, le contrôle des effets de lot, la DGE et l'analyse d'enrichissement des voies.
Générez des résultats validés et auditables pour le développement de CAR-T, la quantification de vecteurs viraux et les programmes d'édition du génome au sein de l'infrastructure logicielle d'analyse de données génomiques de CellCarta.
Les flux de travail qPCR utilisent des modèles évalués par des pairs pour la correction d'efficacité, la propagation d'erreurs et l'étalonnage inter-essais sur de grands ensembles d'échantillons. La dPCR applique des modèles linéaires mixtes généralisés pour les tests de linéarité et d'exactitude, fournissant des résultats auditables pour les programmes de CAR-T, de quantification de vecteurs viraux et d'édition du génome.
Détectez les variants sur l'ensemble du génome ou des régions codantes grâce à des pipelines conçus pour des rapports de qualité clinique. Le WGS couvre les variants codants et non codants, les SV, les CNV, les variants mitochondriaux et les expansions de répétitions.
Le WES capture plus de 95 % des variants associés aux maladies, avec une analyse des SNV, indels, CNV, MSI et TMB en configuration tumeur seule ou tumeur/normal appariée, dans les domaines de l'oncologie, des maladies rares et de la pharmacogénomique.
Nous exécutons des flux de travail validés pour TSO500 HT, TSO500 ctDNA v2, oncoReveal® CDx, Aspyre® Lung et le génotypage HLA.
Chacun fonctionne sur sa plateforme optimisée — Illumina Connected Analytics, la suite RUO et la station de travail DIV de Pillar, ou Aspyre Lab — avec contrôle qualité automatisé, appel de variants, annotation et calcul de biomarqueurs. ctDNA v2 détecte les variants à des fréquences alléliques aussi faibles que 0,5 % pour l'évaluation de la MRM et le suivi longitudinal.
Résolvez l'hétérogénéité cellulaire et la dynamique du répertoire immunitaire à l'aide de la plateforme 10x Genomics Chromium et du logiciel Cell Ranger.
Le pipeline prend en charge les banques d'expression génique 5', de V(D)J et de codes-barres de caractéristiques, à travers l'alignement, le regroupement, l'annotation des types cellulaires, l'inférence de trajectoires et l'analyse d'enrichissement des voies. CellEngine étend ces capacités avec une visualisation de type cytométrie en flux, un gating tSNE/UMAP et une analyse secondaire multi-patients.
Cartographiez l'expression génique dans le contexte tissulaire à l'aide de logiciels d'analyse de données génomiques sur les plateformes GeoMx et Visium HD. Les pipelines GeoMx incluent la sélection des régions d'intérêt (ROI), le contrôle qualité et l'intégration à la pathologie numérique.
Visium HD utilise Space Ranger pour l'alignement spatial, la normalisation, le regroupement et la détection de domaines. Les capacités avancées incluent la correction de lot, la déconvolution des types cellulaires à l'aide d'atlas de référence, ainsi que l'enrichissement de signatures géniques.
Combinez vos ensembles de données dans plusieurs domaines grâce à nos capacités internes d'analyse multi-omique, permettant une compréhension plus approfondie des questions biologiques complexes de votre étude.
Notre pipeline d'analyse de données combine les données de séquençage de l'ARN avec l'analyse transcriptomique spatiale et la protéomique spatiale, permettant un profilage tumoral multidimensionnel.
Profilez les transcriptomes à l'aide de logiciels d'analyse de l'expression génique pour le RNA-seq et le NanoString nCounter®. Les pipelines RNA-seq couvrent l'alignement des lectures, la quantification des transcrits, la détection des variants d'épissage et des fusions, les fractions de cellules immunitaires tumorales, ainsi que la quantification propriétaire de l'eTMB et de l'eMSI basée sur le ML.
Les flux de travail NanoString incluent la correction du bruit de fond, la normalisation, le contrôle des effets de lot, la DGE et l'analyse d'enrichissement des voies.
Générez des résultats validés et auditables pour le développement de CAR-T, la quantification de vecteurs viraux et les programmes d'édition du génome au sein de l'infrastructure logicielle d'analyse de données génomiques de CellCarta.
Les flux de travail qPCR utilisent des modèles évalués par des pairs pour la correction d'efficacité, la propagation d'erreurs et l'étalonnage inter-essais sur de grands ensembles d'échantillons. La dPCR applique des modèles linéaires mixtes généralisés pour les tests de linéarité et d'exactitude, fournissant des résultats auditables pour les programmes de CAR-T, de quantification de vecteurs viraux et d'édition du génome.
Détectez les variants sur l'ensemble du génome ou des régions codantes grâce à des pipelines conçus pour des rapports de qualité clinique. Le WGS couvre les variants codants et non codants, les SV, les CNV, les variants mitochondriaux et les expansions de répétitions.
Le WES capture plus de 95 % des variants associés aux maladies, avec une analyse des SNV, indels, CNV, MSI et TMB en configuration tumeur seule ou tumeur/normal appariée, dans les domaines de l'oncologie, des maladies rares et de la pharmacogénomique.
Nous exécutons des flux de travail validés pour TSO500 HT, TSO500 ctDNA v2, oncoReveal® CDx, Aspyre® Lung et le génotypage HLA.
Chacun fonctionne sur sa plateforme optimisée — Illumina Connected Analytics, la suite RUO et la station de travail DIV de Pillar, ou Aspyre Lab — avec contrôle qualité automatisé, appel de variants, annotation et calcul de biomarqueurs. ctDNA v2 détecte les variants à des fréquences alléliques aussi faibles que 0,5 % pour l'évaluation de la MRM et le suivi longitudinal.
Résolvez l'hétérogénéité cellulaire et la dynamique du répertoire immunitaire à l'aide de la plateforme 10x Genomics Chromium et du logiciel Cell Ranger.
Le pipeline prend en charge les banques d'expression génique 5', de V(D)J et de codes-barres de caractéristiques, à travers l'alignement, le regroupement, l'annotation des types cellulaires, l'inférence de trajectoires et l'analyse d'enrichissement des voies. CellEngine étend ces capacités avec une visualisation de type cytométrie en flux, un gating tSNE/UMAP et une analyse secondaire multi-patients.
Cartographiez l'expression génique dans le contexte tissulaire à l'aide de logiciels d'analyse de données génomiques sur les plateformes GeoMx et Visium HD. Les pipelines GeoMx incluent la sélection des régions d'intérêt (ROI), le contrôle qualité et l'intégration à la pathologie numérique.
Visium HD utilise Space Ranger pour l'alignement spatial, la normalisation, le regroupement et la détection de domaines. Les capacités avancées incluent la correction de lot, la déconvolution des types cellulaires à l'aide d'atlas de référence, ainsi que l'enrichissement de signatures géniques.
Combinez vos ensembles de données dans plusieurs domaines grâce à nos capacités internes d'analyse multi-omique, permettant une compréhension plus approfondie des questions biologiques complexes de votre étude.
Notre pipeline d'analyse de données combine les données de séquençage de l'ARN avec l'analyse transcriptomique spatiale et la protéomique spatiale, permettant un profilage tumoral multidimensionnel.
Des solutions sécurisées et évolutives pour le transfert de données brutes et traitées via des compartiments d'échange AWS S3, SFTP ou des plateformes propriétaires. Nous fournissons les données de séquençage brutes, les résultats des pipelines, les résultats traités en aval, ainsi que des métadonnées personnalisables conformes à vos spécifications. Notre politique d'archivage interne permet le stockage et la récupération des données de projet pendant jusqu'à 25 ans, offrant la flexibilité d'accéder aux résultats ou de les repartager longtemps après leur livraison initiale.
CellCarta a développé CellEngine, un logiciel d'analyse de données hautement performant qui permet aux utilisateurs d'analyser leurs ensembles de données de cytométrie en flux de façon autonome. Les fonctionnalités de CellEngine sont intuitives et personnalisables, permettant une analyse et une visualisation de données puissantes.
Une analyse génomique rigoureuse et reproductible, conçue pour les programmes translationnels et cliniques.
Bioinformatique experte
Pipelines ML propriétaires
Couverture multimodale complète
Pipelines reproductibles
CQ de qualité réglementaire
Complétez votre analyse de données génomiques grâce à nos plateformes de tests validées et à nos technologies de détection.
Analyse précise et à haut débit du matériel génétique, alliant rapidité et évolutivité.
Quantification des acides nucléiques avec une précision, une exactitude et une sensibilité supérieures.
Prise en charge des applications de PCR quantitative à l'aide de tests prêts à l'emploi ou d'amorces personnalisées et validées.
Les services d'analyse de données génomiques de CellCarta prennent en charge toutes les principales modalités de séquençage et moléculaires utilisées dans les programmes translationnels et cliniques : RNA-seq, séquençage du génome et de l'exome entiers, PCR quantitative et numérique, séquençage unicellulaire, biologie spatiale, ainsi que des tests prêts à l'emploi validés, notamment TSO500, oncoReveal CDx et Aspyre Lung. Chaque modalité est prise en charge par une équipe de bioinformatique interne qui applique un contrôle qualité rigoureux, des pipelines transparents et des méthodes avancées, y compris la quantification de biomarqueurs basée sur l'apprentissage automatique.
Les capacités d'analyse de l'expression génique de CellCarta couvrent les flux de travail RNA-seq et NanoString nCounter pour la découverte, la validation et le déploiement clinique de biomarqueurs. Les pipelines RNA-seq incluent l'alignement des lectures, la quantification des transcrits, la détection des variants d'épissage et des fusions, l'analyse des fractions de cellules immunitaires tumorales, ainsi que la quantification propriétaire de l'eTMB et de l'eMSI basée sur le ML. Les flux de travail NanoString incluent la correction du bruit de fond, la normalisation, le contrôle des effets de lot, l'expression génique différentielle et l'analyse d'enrichissement des voies — soutenant les programmes de biomarqueurs, de la recherche translationnelle jusqu'aux essais cliniques de phase avancée.
Oui — et c'est l'un des avantages les plus évidents de travailler avec CellCarta. Nos services d'analyse de données génomiques s'inscrivent dans une infrastructure multi-omique intégrée plutôt que dans une offre de génomique autonome. Les résultats génomiques peuvent être corrélés avec les données de suivi immunitaire, de cytométrie en flux, de biologie spatiale, d'histopathologie et de protéomique, toutes générées sous un seul cadre de qualité. Pour les programmes cliniques complexes où la corrélation des biomarqueurs entre modalités est essentielle à la démarche scientifique, cela élimine la charge d'intégration que les promoteurs doivent généralement assumer auprès de plusieurs prestataires.
Oui. Les services d'analyse de données génomiques de CellCarta s'inscrivent dans un système de management de la qualité entièrement régi, couvrant les BPL, la CLIA, le CAP, l'ISO 15189 et l'ISO 13485. Les pipelines et les résultats sont conçus pour soutenir à la fois la recherche exploratoire et les soumissions réglementées — y compris les critères d'évaluation principaux, les études de performance DIV et les programmes de diagnostics compagnons — chaque résultat étant produit selon le même cadre de qualité dans l'ensemble de nos sites mondiaux.
