Notre équipe de bioinformatique fournit des résultats fiables et prêts pour la réglementation à partir de jeux de données cliniques de toute taille, complexité et orientation thérapeutique.
Nos services d'analyse de données peuvent traiter des jeux de données volumineux et complexes afin d'en extraire des informations précieuses, cohérentes, fiables et interprétables. Nos plateformes assistées par IA et notre expertise en protéomique, génomique, histopathologie et suivi immunitaire permettent d'intégrer facilement les services analytiques de CellCarta à votre recherche, à tout stade du développement.
Toutes les analyses sont réalisées par une équipe interne expérimentée de bioinformaticiens et de biostatisticiens qui travaillent en étroite collaboration avec les clients afin de sélectionner la méthode d'analyse adaptée à chaque objectif d'étude.
Générer des résultats significatifs et fiables à partir de vastes jeux de données représente souvent un défi pour les équipes cliniques. Cela nécessite des capacités allant de la visualisation de données personnalisée à l'analyse statistique.
Les services complets d'analyse de données de CellCarta comprennent le traitement des données brutes et le contrôle qualité, jusqu'à l'interprétation biologique et la production de rapports personnalisés.
CellEngine® traite les données de cytométrie à l'échelle exigée par les programmes cliniques. Notre logiciel basé sur le cloud permet un traitement rapide et de haute qualité des données, une visualisation puissante, et peut être utilisé en mode logiciel en tant que service (SaaS) pour une analyse indépendante.
Pour les programmes génomiques, des pipelines bio-informatiques validés couvrent l'alignement, l'appel de variants, les rapports de contrôle qualité, l'expression différentielle des gènes, l'enrichissement des voies biologiques et l'analyse des biomarqueurs en aval.
Enfin, l'équipe de bioinformatique peut appliquer l'analyse exploratoire des données, la normalisation, le clustering, l'apprentissage automatique et l'analyse des voies biologiques sur les plateformes protéomiques, génomiques et de suivi immunitaire.
Analyse d'échantillons performante avec des rapports standard ou personnalisés adaptés à votre étude.
Pipelines d'analyse validés et évolutifs, avec des résultats conçus pour la soumission réglementaire.
Analyse cytométrique exceptionnelle avec autogating supervisé et fonctionnalités avancées.
Étude de cas
CellCarta a développé le modèle bio-informatique RNA-Seq qui extrait des informations sur l'eTMB, le MSI, les lymphocytes infiltrant la tumeur (TILs) et les signatures géniques immunitaires à partir des seules données RNAseq. Ce modèle prédit avec précision la réponse des patients au traitement par inhibiteurs de points de contrôle immunitaire sans recourir à une approche multiomique.
Étude de cas
CellCarta a réalisé une analyse comparative des profils immunitaires d'échantillons de carcinome évalués par la plateforme Lunit SCOPE IO assistée par IA ou manuellement par des pathologistes. Les enseignements tirés de cette analyse permettent d'améliorer la robustesse des deux méthodes pour les investigations du phénotype immunitaire.
Notre service d'analyse de données génomiques a développé des pipelines bioinformatiques pour l'expression génique (par exemple, le séquençage d'ARN et NanoString nCounter), les jeux de données de PCR quantitative et de PCR digitale, le séquençage du génome entier et de l'exome entier, l'analyse de séquençage unicellulaire, ainsi que les jeux de données de biologie spatiale. Un traitement standard et une analyse personnalisée sont tous deux disponibles, et le transfert de données peut être adapté aux besoins spécifiques du projet via AWS S3, SFTP ou des plateformes propriétaires.
CellEngine® est le logiciel propriétaire d'analyse de cytométrie de CellCarta, utilisé pour assurer les services d'analyse de cytométrie en flux à l'échelle mondiale. Il est disponible dans le cadre de notre flux de travail bioanalytique ou en tant que plateforme SaaS, permettant aux clients d'analyser leurs fichiers FCS de manière indépendante. CellEngine® est compatible avec les fichiers FCS provenant de plus de 45 cytomètres et est validé pour une utilisation dans des environnements conformes à la norme 21 CFR 11. De plus, des kits d'outils API en R et Python prennent en charge l'intégration avec les systèmes LIMS, ELN et DME.
CellCarta fournit des rapports standard et personnalisés, déterminés en fonction de la conception de l'étude et du plan d'analyse statistique. Les rapports personnalisés peuvent inclure des ratios, une normalisation de base et une interprétation biologique afin d'accélérer la compréhension de jeux de données complexes. L'équipe de bioinformatique et de biostatistique utilise l'analyse exploratoire des données pour identifier les valeurs aberrantes et les tendances, la normalisation pour éliminer les biais liés au traitement des échantillons, l'analyse d'expression pour évaluer les relations entre les variables cliniques et les niveaux d'expression, des outils de visualisation tels que des cartes de chaleur pour la mise en contexte et l'interprétation, l'apprentissage automatique pour la classification des biomarqueurs et la conception de panels prédictifs, le clustering pour améliorer le regroupement des patients, et l'analyse des voies biologiques pour comprendre les mécanismes d'action.
Consultez nos services de bioinformatique pour en savoir plus.
