Nos capacités en profilage moléculaire
CellCarta propose une suite de plates-formes moléculaires bien établies et émergentes telles que 10X Genomics Chromium et Visium, la PCR numérique sur gouttelettes et bien plus encore.
Nos laboratoires peuvent prendre en charge la manipulation et l’analyse de divers types d’échantillons, et notre processus de validation analytique est rigoureux et soutenu par des partenariats avec divers fabricants de réactifs. Tous nos flux de travail, y compris l’extraction d’ADN/ARN, l’expression des gènes, le séquençage de nouvelle génération (NGS) et l’analyse des données, sont réalisés sous un contrôle qualité rigoureux tout en gardant à l’esprit vos applications en aval. À l’aide d’outils propriétaires, notre équipe peut concevoir sur mesure des amorces et des sondes PCR pour soutenir davantage votre expérience.
CellCarta vous accompagne jusqu’à l’analyse des données en proposant un pipeline Bio-IT complet et des logiciels d’analyse moléculaire adaptés pour fournir des solutions d’analyse de données qui répondent à vos besoins.
Choisissez parmi notre vaste liste d’essais génomiques, adaptés à toutes les phases de la recherche, de la découverte aux essais cliniques.
Extraction d’ADN et d’ARN
Les méthodes utilisées pour extraire l’ADN et l’ARN peuvent avoir d’importantes conséquences sur les analyses réalisées par la suite. Chez CellCarta, 90 % de nos extractions sont effectuées à la main, ce qui prévient les baisses de rendement et de pureté souvent observées avec les techniques automatisées ou semi-automatisées. Nous avons une longue expérience de l’extraction d’acides nucléiques à partir de diverses sources (sang entier, plasma, lignées cellulaires, tissus FFIP, tissus FFT et tissus frais) et nous en assurons la qualité. Nous offrons également un service d’extraction simultanée de l’ADN et de l’ARN à partir du même échantillon FFIP.
L’enrichissement en composantes tissulaires spécifiques ou en cellules tumorales par macrodissection avant l’extraction est rendu possible grâce à nos platformes de pathologie digitales et notre équipe interne de pathologistes titulaires d’un certificat de spécialité.
Analyse de l'expression des gènes (qPCR, dPCR)
L’analyse de l’expression génique est réalisée avec sensibilité et spécificité en utilisant des méthodes basées sur la PCR, conformes à vos besoins d’étude. Notre équipe peut prendre en charge toutes les applications cliniques basées sur la PCR quantitative (qPCR) ou la PCR numérique (dPCR) en utilisant des essais prêts à l’emploi ou des essais personnalisés validés.
Profilage de l'ARN
CellCarta fournit des informations sur le profilage de l’ARN à l’aide du séquençage de nouvelle génération (NGS) avec les plates-formes appropriées pour répondre à toute taille de projet de séquençage (NovaSeq 6000, NextSeq 550Dx, MiSeq). Pour des cibles spécifiques de gènes, la RT-qPCR et le système NanostringTM nCounter® sont proposés pour quantifier avec précision des cibles personnalisées.
Notre équipe a également développé une méthode de séquençage à haut débit pour le criblage de composés précliniques, avec un flux de travail pouvant traiter jusqu’à 384 lysats cellulaires sans nécessiter d’extraction d’ARN.
En savoir plus sur nos services de séquençage de l’ARN.
Analyse de mutations
Chez CellCarta, les détections des mutations de l’ADN sont effectuées à l’aide de tests de mutation ciblée bien établis sur différentes plates-formes de PCR (qPCR, dPCR), ainsi que des protocoles d’analyse NGS, ce qui nous permet de détecter à la fois des mutations ciblées simples et multiples tout en respectant les exigences réglementaires. La conception sur mesure de tests sensibles de détection de mutations est également réalisée.
En exploitant les dernières technologies (NovaSeq6000, NextSeq 500Dx, MiSeq), notre équipe utilise des panels validés ou en génère sur mesure, et signale les variants identifiés ainsi que leur pertinence clinique dans un délai aligné sur les essais cliniques.
En plus des panels de séquençage ciblés disponibles permettant de détecter des variants de nucléotides simples (SNV), des petites insertions, des délétions, des variations du nombre de copies (CNV) et la charge mutationnelle tumorale dans des gènes spécifiques fréquemment mutés dans les tumeurs solides, nous proposons également des panels complets :
- Pan Lung Cancer PCR Panel SuperARMS® de AmoyDx : Détection de 167 mutations et événements de fusion dans 11 gènes cibles spécifiques au cancer du poumon.
- Pan TSO500 (TruSight Oncology 500) de Illumina : Détection de >500 biomarqueurs couvrant plusieurs types de tumeurs solides et pertinents pour l’immuno-oncologie, y compris l’instabilité des microsatellites (MSI) et la charge mutationnelle tumorale (TMB) avec NovaSeq 6000 et NextSeq 550Dx.
Contactez-nous pour plus d’informations sur nos services d’analyse des mutations.
Détection de fusions
Nous exploitons des approches ciblées de séquençage de nouvelle génération (SNG), de séquençage aléatoire du transcriptome entier (RNAseq), de PCR spécifique d’allèles (ARMS PCR) et le système NanoStringMC pour détecter les fusions géniques dans les ARN. Des panels validés sont utilisés pour détecter les fusions et les mutations ponctuelles spécifiques du cancer. Certains d’entre eux offrent la possibilité de détecter ces fusions sans connaissance préalable des points de rupture.
Panels prêts à l’emploi :
- Archer® FusionPlex Comprehensive Thyroid and Lung (CTL) (SNG) :
36 gènes cibles des « points chauds » associés aux cancers de la thyroïde et du poumon - SuperARMS® Pan Lung Cancer PCR Panel de AmoyDx (PCR en temps réel) : 11 gènes cibles pour échantillons de poumons
- Panel TSO500 d’Illumina (NGS) : 523 cibles ADN et 55 cibles ARN pertinentes pour l’immuno-oncologie, y compris MSI et TMB.
- Système NanoStringMC – Test de sous-typage des lymphomes (LST)
Personnalisation selon vos besoins : Les panels peuvent être adaptés pour l’étude de fusions et de mutations ponctuelles spécifiques.
Instabilité des microsatellites (MSI)
L’instabilité des microsatellites résulte de l’accumulation systématique de délétions et d’insertions au sein de courtes séquences d’ADN répétées dans les cellules tumorales en raison du dysfonctionnement du système de réparation des mésappariements (MMR). L’instabilité des microsatellites s’observe dans environ 15 % de tous les cas de cancer colorectal et s’avère utile en clinique pour identifier les patients ayant un cancer colorectal héréditaire sans polypose (HNPCC, syndrome de Lynch) causé par des mutations germinales dans les gènes du système MMR. Le statut d’instabilité des microsatellites peut également prédire la réponse d’un patient à certaines chimiothérapies. Plus récemment, il a été utilisé comme biomarqueur de la réponse à l’immunothérapie, ce qui fait du statut d’instabilité des microsatellites un outil de plus en plus pertinent pour la recherche en génétique et en immuno-oncologie.
Chez CellCarta, nous utilisons des panels comportant des répétitions mononucléotidiques quasi monomorphes pour déterminer le statut d’instabilité des microsatellites. Ces essais sont très sensibles et ne nécessitent pas de tissu normal ni de sang appariés.
- La trousse MSI assay v1.2 de PromegaMC procure une solution à haut débit pour l’amplification multiplex de cinq marqueurs de répétition (BAT-25, BAT-26, NR-21, NR-24 et MONO-27) dans les échantillons d’ADN, ce qui permet de déterminer le statut d’instabilité des microsatellites.
- La trousse IdyllaMC MSI Assay (homologuée pour le diagnostic in vitro) couvre sept biomarqueurs de répétitions répartis dans différents gènes (ACVR2A, BTBD7, DIDO1, MRE11, RYR3, SEC31A et SULF2), et permet d’établir le statut d’instabilité des microsatellites directement à partir de tissus fixés dans le formol et inclus dans la paraffine (FFIP), insérés dans une cartouche adaptée à l’échantillon.
- Le statut d’instabilité des microsatellites est également évalué à l’aide de l’essai TSO500 d’Illumina.
En savoir plus sur nos services d’analyse de l’instabilité des microsatellites
Profilage unicellulaire et expression spatiale des gènes (10XGenomics – Chromium, Visium)
Grâce au système Chromium de 10XGenomics, CellCarta peut fournir un profilage de l’ARN de cellules uniques grâce à la technologie RNASeq. L’hétérogénéité des échantillons généralement masquée dans l’analyse de séquençage RNA en vrac peut être capturée grâce à cette méthode en profilant des milliers de cellules individuelles. Le test peut être personnalisé pour détecter le transcriptome entier, l’expression de gènes ciblés, des protéines de surface spécifiques et même des ARN guides individuels (sgRNA) issus de criblages CRISPR.
Avec le système Visium de 10X Genomics, notre équipe peut fournir une cartographie spatiale du transcriptome entier dans le contexte morphologique du tissu. Les données d’expression génique spatiale sont essentielles pour identifier les schémas d’expression génique spatio-temporels.